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Une nouvelle étude révèle que les chauves-souris du Brésil abritent un ensemble vaste et diversifié de coronavirus, dont une souche nouvellement identifiée qui pourrait constituer un danger pour la santé humaine dans les années à venir.

Les scientifiques prennent cette menace au sérieux et effectueront bientôt des tests dans un laboratoire sécurisé afin de déterminer si la variante pourrait réellement s’étendre à notre propre espèce.

Cette découverte est préoccupante car la souche rappelle étrangement le virus transmis par les chauves-souris à l’origine du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), une contagion qui entraîne un taux de létalité très élevé, de près de 35 %, chez l’homme.

Depuis son identification en 2012, le coronavirus MERS (MERS-CoV) a causé 858 décès connus, principalement au Moyen-Orient, en Afrique et en Asie du Sud. Bien que les cas bénins soient probablement sous-déclarés, ce virus présente le taux de létalité le plus élevé de tous les coronavirus connus pouvant infecter l’homme, ce qui en fait le plus mortel.

À titre de comparaison, le coronavirus responsable de la pandémie de COVID-19, le SARS-CoV-2, a un taux de létalité chez l’homme d’environ 2 %, selon une étude réalisée en 2022.

Des scientifiques brésiliens et chinois ont découvert ce proche parent du MERS-CoV en recherchant des agents pathogènes chez 16 espèces différentes de chauves-souris au Brésil.

En prélevant plus de 400 écouvillons oraux et rectaux sur des chauves-souris, l’équipe internationale, dirigée par Bruna Stefanie Silvério de l’université fédérale de São Paulo, a identifié sept coronavirus distincts. Ceux-ci n’étaient hébergés que par deux espèces : Molossus molossus (un insectivore) et Artibeus lituratus (une chauve-souris frugivore).

Seule une des variantes virales partage une histoire évolutive avec le MERS-CoV.

Jusqu’à présent, les membres de la famille MERS-CoV n’avaient été observés que chez les chauves-souris d’Afrique, d’Europe et du Moyen-Orient.

Selon les auteurs, cela indique que « des virus étroitement apparentés circulent chez les chauves-souris d’Amérique du Sud et étendent leur aire de répartition géographique connue ».

Les scientifiques savent que les virus présents dans les chauves-souris constituent une menace pour la sécurité humaine depuis bien avant la pandémie de 2020.

En 2002, le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) est devenu la première maladie pandémique transmissible du XXIe siècle dont l’origine est inconnue. Le taux de mortalité de cette épidémie virale a atteint environ 10 % à la fin de l’épidémie en juin 2003.

Plus tard, les chercheurs ont découvert que les chauves-souris étaient un réservoir naturel pour les coronavirus de type SRAS et, après des années de travail acharné, ils ont confirmé que le SRAS-CoV-1 s’était propagé de ces mammifères sauvages à nous-mêmes.

En 2012, un autre coronavirus mortel a fait son apparition. Le coronavirus MERS a été identifié pour la première fois en Arabie saoudite, après être probablement passé des chauves-souris aux chameaux, puis aux humains.

Bien que ce virus se propage moins facilement au sein de notre propre espèce, des voyageurs ont transporté l’infection aux États-Unis, en Europe, en Afrique et en Asie.

La découverte d’une souche similaire au MERS en Amérique du Sud souligne le « rôle critique des chauves-souris en tant que réservoirs de virus émergents », écrivent Silvério et son équipe.

« Pour l’instant, nous ne sommes pas sûrs qu’il puisse infecter l’homme, mais nous avons détecté des parties de la protéine spike du virus [qui se lie aux cellules des mammifères pour déclencher une infection], ce qui suggère une interaction potentielle avec le récepteur utilisé par le MERS-CoV », explique M. Silvério.

« Pour en savoir plus, nous prévoyons de mener des expériences à Hong Kong au cours de l’année.

Depuis 2020, le monde prend plus que jamais au sérieux la menace que représentent les coronavirus qui passent des mammifères sauvages à l’homme. La découverte d’un virus menaçant transmis par les chauves-souris en Amérique du Sud est certes préoccupante, mais elle est aussi réconfortante. Maintenant que nous savons qu’il existe, les scientifiques peuvent surveiller de près la menace.

« Les chauves-souris sont d’importants réservoirs viraux et devraient donc faire l’objet d’une surveillance épidémiologique continue », explique Ricardo Durães-Carvalho, biologiste à l’université fédérale de São Paulo et coauteur de l’étude.

Mieux vaut le diable que l’on connaît que celui que l’on ne connaît pas.

L’étude a été publiée dans le Journal of Medical Virology.

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